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发菌以“井”字形堆叠，高约1m，底部用石块或废木垫空，要求堆内温度控制在20兀以上、28兀以下，晴天中午气温高时应撑膜通风降温。每周将段木上下、内外翻动1次，促进发菌均匀。约经30d，接种穴和树皮下长满菌丝，发菌结束。埋土养菌及子实体发生选排水良好、有水源或树荫下作菌床，畦床宽1.2m，深20cm。将段木横向排放在菌床内，段木间距5cm，以无杂质的细壤土填没段木间隙，而后上面覆2cm的土层。搭荫棚离菌床高60cm，棚上盖稀草帘，外覆薄膜，防止直射光和大雨冲刷。这段时间，减少水分供给，养菌约30d。当段木两端断面上具有黄白色菌丝即进入子实体发生阶段，增加空间的湿度，晴天喷水1~2次，保持土壤湿润。7月初子实体陆续发生。第2年5~7月盛产，第3年仍有子实体产生。
河南驻马店市近几年研究推广段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
种植流程截椴装袋将原材截成30cm长的短椴木，直径超过20cm者，辟开材树皮朝外，用利刀修光断面、枝叉面，以免剌破袋膜，引起感染杂菌，将木材装入40x65cm规格的0.005厚的低压聚乙烯袋内，每袋装3---6段，用绳子扎紧袋口。蒸汽灭菌将菌袋按排叠放，排间留有20厘米的空隙，采用一层横排一层竖排“井”字形叠放，排放好底层覆盖农膜，外层再盖一层彩条布，四周用沙袋将农膜及彩条布压实，防止漏气。当温度达到100T后，持续10h不间断加热，灭菌结束后，闷3—5h，等灶内温度下降到60T以下，取出菌袋放入接种棚内。菌袋接种汉中多采用开放式接种，一般在1月下旬进行，先将菌种足量放入棚内（按每袋菌棒0.25kg），再用二氯异尿酸钠消毒粉（保菇灵）进行棚内灭菌，30x4mx2.5m大棚用量为20包，灭菌4—5h。接种人员进入时用酒精喷雾灭菌，8人为一组，日接种20t，采用两端断面接种，先脱袋接种袋底菌种，再接种袋口，每袋用种0.2-0.25kg。
袋栽与瓶栽过程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，装至离袋口约10cm处，收拢袋口，套塑料套环，加棉塞。灭菌，在无菌条件下接种培养。当菌丝长到袋的1/2左右时拔去棉塞和套环，露出料面，让其出芝。注意不要过早打开袋口，以免菌丝干涸而影响子实体发生。段木栽培选择栎树、榆树、桦木等阔叶树种，树龄7~10年，树径6~15cm。砍伐截段伐树在落叶后至翌年萌芽前进行，砍伐时不要损伤树皮。接种前锯成段，浸水12?15h，增加含水量，以利发菌。打孔接种用皮带冲安装在接种锤上打孔，直径约9.6?10mm，随即用接种枪接入菌种，然后用树皮盖封穴，接种选晴天进行，做到边打孔，边接种，边封穴。
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